Vitamin D erhöht die Toleranz des spezifischen Immunsystems, d.h. dessen Reaktionsbereitschaft wird gesenkt. Neben der direkt hemmenden Wirkung auf die T-Helferzellen und die dendritischen Zellen umfasst dies auch die Stimulation der regulatorischen T-Zellen (T-Suppressor-Zellen). Während diese Wirkungen in der Behandlung von Autoimmunerkrankungen erwünscht und hilfreich sind (klassisch z.B. Vitamin-D-Hochdosis bei Multipler Sklerose), gilt für akute Infektionen das Gegenteil.